ได้มีแผนดำเนินการเพื่อการพัฒนาพื้นที่เขตพัฒนาพิเศษภาคตะวันออกในมิติต่าง ๆ
และแผนการดำเนินงานขององค์กร ซึ่งจะนำไปสู่การขับเคลื่อนแผนภาพรวมเพื่อให้เกิดการพัฒนาอย่างยั่งยืน
ทั้งในด้านการลงทุนในคลัสเตอร์เป้าหมายและการยกระดับคุณภาพชีวิตของประชาชนที่ได้รับผลประโยชน์
จากการลงทุนในอุตสาหกรรมเป้าหมาย ทั้งในมิติทางเศรษฐกิจและสังคม โดยแบ่งแผนดำเนินการเป็น 2 ส่วนหลัก ดังนี้